生物工程系,源自南京林业大学国家级重点学科-林产化学加工工程,由上世纪80年代设立的林产生物化学加工工程研究方向延伸发展而来。最早由生物化工教研组、微生物学及生物制药教研组和南京林业大学生物化工研究所为适应学科发展趋势和行业发展需要组建而成。2002年成功申报生物工程本科专业,同年成功申报生物化工二级硕士点,目前已形成了完整的较为先进的人才培养模式,拥有生物化工和生物工程硕士学位授予点,具有招收硕士生、博士生、博士后和工程硕士资格,现有在校本科生300余人,硕士、博士研究生60余人。2012年入选江苏省“十二五”高等学校重点专业“林业工程”专业类四个核心专业之一。2015年专业申报江苏省高等学校实验教学与实践教育中心“林业资源生物化学加工学科综合训练中心”获批。
现有专职教师17人,其中教授6人、副教授4人 、高级实验师1人,讲师5人,实验师1人;博士学位人员占86%、具有海外学术背景人员占50%。
生物工程系在国内高校同类专业中具有鲜明的林产生物化工特色,尤其生物质资源生物利用领域在学校乃至社会上有重要的影响力。生物工程系主要从事生物质资源降解和转化的基础理论和应用开发的研究工作,所开发的生物加工产品涉及生物燃料、功能性多糖、生物基化学品及天然活性成分等产品。自九五以来,生物化工团队承担了“973”计划、“863”计划、攀登计划、国家计委高技术示范工程、国际先进农业技术引进项目、国家自然科学基金和其他部省级项目60余项。部分成果居国际领先水平或达到国际先进水平,多项成果实现了产业化应用,实现了显著的经济效益和社会效益。其中与江苏康维生物有限公司合作开发生产低聚木糖饲料添加剂并建成年产300吨低聚木糖饲料添加剂主产线。目前该企业是中国最早、最大、最专业的饲料业寡糖生产企业,复合寡糖的领军企业,是低聚木糖国标的主要起草单位,低聚木糖产品目前已被国家农业部授予饲料添加剂新产品证书,填补了国内空白,也是江苏省迄今唯一获得的饲料添加剂新产品证书。低聚木糖生物制备技术荣获2006年度国家技术发明二等奖,被列为国家计委“948”高新技术产业示范工程项目。